基因座（英语：locus，gene locus；复数：loci）又称基因位点、位点，是一生物学与遗传算法术语，指某个基因或具有调控作用的遗传标记在染色体上所处的特定位置。

一个基因座可用染色体编号、染色体长短臂代号和其在染色体上所处的“区”、“带”、“子带”编号位置表示。

基因座上的DNA序列可能有许多不同的变化，各种变化形式称为等位基因（allele）。基因座在基因组中的排列位置称为基因图谱（genetic map），基因作图（gene mapping）则是测定基因座与特定性状关系的过程。

命名

举例而言，一个典型的基因座可能写成“6p21.3”，解释如下： 

6 = 6号染色体
p = 短臂
21 = 2区, 1带
3 = 子带3

区、带和子带是从着丝粒向外朝端粒开始编号。基因座详细命名规则如下：

符号 解释
6 染色体编号。
p 染色体上的短臂（p）或长臂（q）位置。
21.3 染色体臂上的所在位置，21表示2区（region）1带（band），3表示子带（sub-band），染色体带经过适当染色之后，可于显微镜底下观察。每个带皆有编号，最靠近着丝粒（centromere）的为1号。

一个范围之内的基因座的写法类似，例如OCA1基因的基因座可写成“11q1.4-q2.1”，表示此基因位于11号染色体q臂中的1号带4号子带，到2号带1号子带之间。

染色体的末端写成“pter”或“qter”，例如“2qter”表示2号染色体的端粒。