| 年 代 | 地质事件 | 气候事件 | 生物事件 |
|---|---|---|---|
| 全新世 | 全新世气候最适宜期结束 | ||
| 北美阿加西冰川湖溃堤 | 8.2-ka降温事件 | ||
| 全新世气候最适宜期开始 | |||
| 新仙女木事件 | 人类从白令地峡进入美洲 | ||
| 更新世 | 末次冰盛期(LGM) | ||
| 印尼多巴湖超级火山喷发 | |||
| 第四纪冰期-维斯康辛段 | 尼安德特人 | ||
| 第四纪冰期-伊利诺伊阶段 | |||
| 黄石火山熔岩溪喷发 | |||
| 夏威夷大岛开始形成 | |||
| 加州长谷超级火山喷发 | |||
| 第四纪冰期-前伊利诺伊阶段 | |||
| 中更新世气候转型(MPT)开始 | |||
| 黄石火山梅萨瀑布喷发 | |||
| 人类走出非洲 | |||
| 黄石火山越桔梅岭喷发 | 大型哺乳动物灭绝事件 | ||
| 上新世 | 降温,进入第四纪冰期 | 南方古猿 | |
| 格陵兰出现永久冰盖 | |||
| 巴拿马地峡形成 | 全球海洋温盐循环被巴拿马地峡改变 | 早期人类出现,猛犸象出现 | |
| 中新世 | 地中海墨西拿盐度危机 | 西南极冰盖出现 | |
| 北半球冰盖出现 | |||
| Mi-4冰期 | C4型草本植物扩散 | ||
| 亚洲季风常态化 | |||
| 东南极冰盖出现 | |||
| 哥伦比亚河高原洪流玄武岩 | |||
| 中新世中期温暖期(MMCO) | |||
| 马发生分化 | |||
| 青藏高原加速隆起 | 海狮和海豹出现 | ||
| 非洲及阿拉伯板块和欧亚相撞 | Mi-1冰期 | ||
| 渐新世 | 红海开裂 | ||
| 珊瑚灭绝事件 | |||
| 渐新世晚期升温(LOW) | |||
| 科罗拉多拉加里塔超级火山喷发 | |||
| 瓦瓦泉超级火山喷发 | 大型肉食哺乳动物扩散 | ||
| 德雷克海峡形成 | 南大西洋风漂流形成 | ||
| 始新世 | 澳大利亚与南极洲彻底分离 | Oi-1冰期 | 阔叶林和北极动物衰退事件 |
| 推测南极出现永久冰盖 | |||
| 须鲸出现 | |||
| 切萨皮克海湾陨石撞击 | |||
| 安第斯山脉隆起 | 推测南极出现早期冰盖 | ||
| 海底扩张速率下降 | |||
| 剑齿虎出现 | |||
| 低纬度特提斯海路消亡 | 灵长类动物衰退事件 | ||
| 有蹄类动物发生分化 | |||
| 始新世早起温暖期(EECO) | |||
| 华北期构造活动开始 | |||
| 哺乳动物扩散 | |||
| 古新世 | 印度和亚洲相撞 | 古新世-始新世极热事件(PETM) | 海洋底栖生物缺氧灭绝事件 |
| 喜马拉雅山开始形成 | |||
| 北大西洋北部开裂,劳亚大陆彻底瓦解 | |||
| 落基山进一步隆起 | 草出现 | ||
| 北美内陆浅海消亡 | |||
| 鸟类大量分化 | |||
| 有花植物扩散 | |||
| 白垩纪 | 尤卡坦陨石坑撞击 | 白垩纪末大灭绝(恐龙灭觉) | |
| 德干高原洪流玄武岩 | |||
| 霸王龙和三角龙出现 | |||
| 落基山拉勒米造山运动开始 | |||
| 冈底斯山隆起 | 鸭嘴龙出现 | ||
| 澳大利亚和南极开始裂解 | 第三次大洋缺氧事件(OAE3) | 蛇出现 | |
| 白垩纪极热事件(CTM) | |||
| 第二次大洋缺氧事件(OAE2) | 森诺曼-土仑灭绝事件 | ||
| 加勒比洪流玄武岩 | |||
| 南美和非洲彻底分离 | 蚂蚁出现 | ||
| 阿尔卑斯造山运动剧烈化 | 鳄鱼出现 | ||
| 沧龙出现 | |||
| 印度洋凯尔盖朗平原开始形成 | 恐爪龙出现 | ||
| 翁通爪哇高原洪流玄武岩 | 第一次大洋缺氧事件(OAE1) | 塞里灭绝事件 | |
| 印度与非洲分离 | |||
| 四川期构造活动开始 | |||
| 落基山塞维尔造山运动开始 | 有花植物出现 | ||
| 冈瓦纳大陆开始裂解,南大西洋孕育 | |||
| 侏罗纪 | 真兽下纲和有袋类哺乳动物分化 | ||
| 海面上升 | 始祖鸟灯光早期鸟类出现,腕龙出现 | ||
| 梁龙出现 | |||
| 内华达造山运动开始,法拉龙板块开始俯冲 | 异特龙和剑龙出现 | ||
| 盘古大陆南北分裂为冈瓦纳和劳亚大陆 | 原鳄出现 | ||
| 侏罗纪阿尔阶低氧事件 | 托阿尔灭绝事件 | ||
| 三叠纪 | 三叠纪-侏罗纪大灭绝 | ||
| 古特提斯海闭合,辛梅利亚造山运动开始 | |||
| 中大西洋洪流玄武岩 | |||
| 蛇颈龙出现 | |||
| 早期哺乳动物摩尔根兽出现 | |||
| 燕山期构造活动开始 | 翼龙出现,原鳄龟出现 | ||
| 魁北克陨石撞击 | |||
| 板龙和虚形龙 | |||
| 原始哺乳动物隐王兽 | |||
| 最早的恐龙出现,恐龙时代开始 | |||
| 鱼龙出现 | |||
| 盘古大陆发生早期的裂解 | 二叠纪-三叠纪高温期 | ||
| 二叠纪 | 二叠纪-三叠纪大灭绝 | ||
| 大气层含氧突降,气温徒增,冰川期结束 | |||
| 印支期构造活动开始 | |||
| 峨眉山洪流玄武岩 | |||
| 落基山索诺玛造山运动 | |||
| 盘古大陆完全形成 | 松柏门植物出现,基龙和异齿龙出现 | ||
| 苏铁出现 | |||
| 石炭纪 | 北美和欧亚大陆规模成煤期 | 大气层含氧量上升 | 大型节肢动物活跃期 |
| 乌拉尔造山运动开始 | |||
| 石炭纪雨林崩溃事件 | |||
| 奥奇塔造山运动开始 | 动物产的卵中出现羊膜结构 | ||
| 阿巴拉契亚山阿勒格尼造山运动开始 | 爬行动物出现,蜘蛛出现 | ||
| 陆地出现陆间浅海 | |||
| 盘古超级大陆初步聚合 | |||
| 海西造山运动开始 | |||
| 带翅膀的昆虫出现 | |||
| 泥盆纪 | 西澳大利亚陨石撞击 | 晚古生代冰川期(Karoo)开始 | |
| 树出现 | |||
| 全球降温,海洋含氧量下降 | 海洋生物大灭绝 | ||
| 阿卡迪亚造山运动开始 | 脊椎动物演化出四肢,两栖动物出现 | ||
| 维柳伊斯特洪流玄武岩 | |||
| 天山期构造活动开始 | |||
| 昆虫出现 | |||
| 陆生动物出现 | |||
| 志留纪 | 安第斯-撒哈拉冰川期结束,地球气候稳定化 | 种子植物和链束植物出现,早期森林出现 | |
| 鲨鱼出现 | |||
| 奥陶纪 | 爱丽斯斯普林斯造山运动开始 | 安第斯-撒哈拉冰川期开始 | 陆生植物出现 |
| 寒武纪-奥陶纪大灭绝 | |||
| 寒武纪 | 祁连期构造活动开始 | 早期脊椎动物出现 | |
| 大美洲碳酸岩台地(GACB)出现 | 三叶虫,鹦鹉螺等动物出现 | ||
| 大不整合面上界 | |||
| 潘诺西亚大陆裂解 | 寒武纪生命大爆发 | ||
| 元古宙 | 加里东造山运动开始 | ||
| 水母出现 | |||
| 南半球高纬度地区形成潘诺西亚超级大陆 | |||
| 成冰纪冰川期结束 | |||
| 泛非造山运动开始 | |||
| 震旦期构造活动开始 | 澳大利亚南部 埃迪卡拉无壳后生动物群 出现 | ||
| 罗迪尼亚大陆裂解 | |||
| 南华期构造活动开始 | 中国 淮南动物群 出现 | ||
| 成冰纪冰川期开始(第二次冰川地球) | |||
| 多细胞生物出现 | |||
| 晋宁期构造活动开始 | |||
| 罗迪尼亚超级大陆形成 | |||
| 生物开始有性繁殖 | |||
| 格伦维尔造山运动开始 | |||
| 蓟县期构造活动开始 | |||
| 哥伦比亚大陆裂解 | |||
| 推测固态内核形成 | |||
| 大不整合面下界 | 大气含氧量上升 | ||
| 哥伦比亚超级大陆形成 | |||
| 长城期构造活动开始 | |||
| 真核动物开始发展 | |||
| 臭氧层形成 | |||
| 陆地开始聚合,大规模造山运动开始 | |||
| 休伦冰川期结束(第一次雪球地球) | |||
| 各个地盾大致形成 | |||
| 太古宙 | 吕梁期构造活动开始 | ||
| 大氧化事件(GOE)并形成条状铁带 | |||
| 中太古代冰川期结束 | |||
| 中太古代冰川期开始 | |||
| 推测岩石圈板块形成,火山活动开始 | 第三大气层形成 | ||
| 光合作用出现 | |||
| 原核生物开始发展 | |||
| 早期陆地出现 | |||
| 天文时期结束,地球有了地质记录 | 原始海洋形成 | 最早的化石 | |
| 冥古宙 | 推测原始地壳形成 | ||
| 地球进入后期重星体撞击时代(LHB) | 第二大气层(次生大气层)形成 | ||
| 推测生命出现 | |||
| 推测水的出现 | |||
| 地月形成潮汐锁定 | |||
| 推测忒亚星撞击地球,月球形成 | |||
| 地球几乎被熔融,成分重新融合 | |||
| 并发生核幔分异过程,原始地幔逐步形成 | 推测第一大气层(原始大气层)逃逸 | ||
| 推测地球形成 |
p53通路
p53是一系列被称为肿瘤抑制蛋白(也称为p53蛋白或p53肿瘤蛋白)的同源异构蛋白的统称。由TP53(人体)及Trp53(老鼠)基因编码。
该蛋白是最早发现的肿瘤抑制基因所编码的蛋白之一。p53蛋白能调节细胞周期,促使细胞出现凋亡或细胞衰老(cell senescence)等现象,从而避免细胞癌变发生。p53蛋白能保持基因组的稳定性,避免或减少突变的发生。因此被称为基因组守护者。
p53得名于1979年,因为其的分子量于SDS凝胶电泳中测得约为53kDa。不过依据氨基酸序列进行计算后发现p53蛋白的分子量应为43.7kDa。两者所测得之分子量差别是因为该蛋白中存在大量的脯氨酸残基,减缓了其在SDS胶电泳中的迁移速度。%%而此迁移速度减缓的效应在跨物种的p53蛋白皆已被观察,如人类,啮齿动物,青蛙和鱼类。%%
目前在人体内发现的p53同源异构蛋白有15种;另外由于FOXO4可和p53结合以促进细胞衰老之故,因此一些和FOXO4有竞争效应的胜肽,可借由将p53屏除于细胞核之外而成为返老药(Senolytic)。
功能
p53蛋白在避免癌症发生机制上扮演重要的角色,例如
- 细胞凋亡 (apoptosis)
- 细胞衰老(cell senescence)
- 基因组稳定性 (genetic stability)
- 抑制血管新生 (angiogenesis)
p53蛋白通过下列之机构达成避免癌症发生:
- 当DNA受损时,p53蛋白能激活DNA修复蛋白 (DNA repair proteins)。
- p53蛋白能抑制细胞生长,通过使细胞周期停留于G1/S的节律点上,以达成DNA损坏辨识。 (若能将细胞于此节律点上停留够久,DNA修复蛋白将有更充裕的时间修复DNA损坏部位,并继续细胞的生长周期。)
- 若细胞的DNA受损已不能修复,p53蛋白能起始细胞凋亡程序,避免拥有不正常遗传信息的细胞继续分裂生长。
- 激活的p53蛋白能接合于DNA,促使多个基因表达,包括基因WAF1/CIP1,其为p21蛋白之编码基因。 p21 (WAF1)接合于G1-S/CDK (CDK2) 和S/CDK复合体 (此蛋白在G1/S细胞周期节律点上有重要功能) 以抑制该复合体的活性。 当p21蛋白 (WAF1) 与CDK2形成复合体时,细胞将无法进入到细胞分裂的阶段。 而突变后的p53蛋白将可能丧失与DNA形成有效结合的能力,造成p21蛋白将无法形成,以发出停止细胞分裂的信号。 因此,受损细胞将不受控制的进行细胞分裂,最终形成肿瘤。 根据最近的研究,p53蛋白与RB1程序经由p14ARF蛋白相互调节的可能性更加提高。
基因座
基因座(英语:locus,gene locus;复数:loci)又称基因位点、位点,是一生物学与遗传算法术语,指某个基因或具有调控作用的遗传标记在染色体上所处的特定位置。
一个基因座可用染色体编号、染色体长短臂代号和其在染色体上所处的“区”、“带”、“子带”编号位置表示。
基因座上的DNA序列可能有许多不同的变化,各种变化形式称为等位基因(allele)。基因座在基因组中的排列位置称为基因图谱(genetic map),基因作图(gene mapping)则是测定基因座与特定性状关系的过程。
命名
举例而言,一个典型的基因座可能写成“6p21.3”,解释如下:
6 = 6号染色体
p = 短臂
21 = 2区, 1带
3 = 子带3
区、带和子带是从着丝粒向外朝端粒开始编号。基因座详细命名规则如下:
| 符号 | 解释 |
|---|---|
| 6 | 染色体编号。 |
| p | 染色体上的短臂(p)或长臂(q)位置。 |
| 21.3 | 染色体臂上的所在位置,21表示2区(region)1带(band),3表示子带(sub-band),染色体带经过适当染色之后,可于显微镜底下观察。每个带皆有编号,最靠近着丝粒(centromere)的为1号。 |
一个范围之内的基因座的写法类似,例如OCA1基因的基因座可写成“11q1.4-q2.1”,表示此基因位于11号染色体q臂中的1号带4号子带,到2号带1号子带之间。
染色体的末端写成“pter”或“qter”,例如“2qter”表示2号染色体的端粒。
基因文库
基因文库包括基因组文库和部分基因文库(如cDNA文库)。
**将含有某种生物不同基因的许多DNA片段,导入受体菌的群体中储存,各个受体菌分别含有这种生物的不同的基因,称为基因文库。 **
如果这个文库包含了某种生物的所有基因,那么,这种基因文库叫做基因组文库。
如果这个文库只包含了某种生物的一部分基因,这种基因文库叫做部分基因文库,例如cDNA文库,首先得到mRNA,再反转录得cDNA,形成文库。
cDNA文库与基因组文库的区别在于cDNA文库在mRNA拼接过程中已经除去了内含子等成分,便于DNA重组时直接使用。
泛素
泛素(英语:ubiquitin)是一种存在于大多数真核细胞中的小蛋白。
它的主要功能是标记需要分解掉的蛋白质,使其水解。 当附有泛素的蛋白质移动到桶状的蛋白酶的时候,蛋白酶就会将该蛋白质水解。泛素也可以标记跨膜蛋白,如受体,将其从细胞膜上除去。
泛素化
泛素化是一种酶促的、蛋白质翻译后修饰(PTM)过程,其中来自被激活泛素的二甘氨酸模体中末端甘氨酸的羧基与被修饰蛋白中赖氨酸ε氨基相连形成一酰胺键。
将蛋白标记上泛素的过程(泛素化)包括了以下一系列步骤:
活化:泛素通过泛素活化酶 E1 参与的一个两步反应而被激活,并且需要 ATP 提供能量。 第一步是泛素与ATP反应,形成泛素-腺苷酸复合物; 第二步是泛素的转移,即泛素与 AMP 分离并转移到 E1 的半胱氨酸残基上,泛素的羧基端与 E1 酶中半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。
结合:E1将活化后的泛素通过转硫酯化反应转移到泛素结合酶E2。
连接:泛素连接酶 E3 催化泛素级联反应的最后一步,将结合到 E2 的泛素转移到目标蛋白上,使目标蛋白的一个赖氨酸与泛素的羧基端的一个甘氨酸通过异构肽键连接,通常这个步骤需要100多个E3连接酶的催化, E3 连接酶具有底物识别作用,并且能够与 E2 和底物相作用,有些 E3 也可以激活 E2 的活性。
在泛素化级联反应中各个步骤分为不同的层次的, E1 能够结合多个 E2, E2 能够结合多个E3,这种严密的分层现象能够使细胞对泛素化进行更为精致的调节。
泛素样蛋白ubiquitin-like proteins (ULPs)也通过 E1–E2–E3 级联系统对蛋白质进行修饰,不过与泛素蛋白的修饰级联系统也存在一些差异。
E4 泛素链延长酶, 能够在 E3 泛素连接酶产生的单泛素化蛋白上延长泛素。